تتكون الكنيسة من طابقين

 

 

 

وبه مذبحان الأوسط على اسم السيدة العذراء صاحبة البيعة والبحرى على اسم مارجرجس وهناك أيقونتان لهما قيمة كبيرة إحداهما للسيدة العذراء والرب يسوع فى حجرها بألوان بديعة وخلفية الصورة من الخشب وتم ترميمها عام 1998 لصيانتها حيث إنها مصنوعة من الخشب والأيقونة الاخرى لرئيس الملائكة الجليل ميخائيل ويقف بجواره القس داود المقارى فى ملابس الكهنوت وممسكا بالشورية . وبالناحية البحرية مدفن القس داود المقارى وبجوار حجرة تناول السيدات مقصورة بها رفات شهداء الفيوم وفى نهاية الكنيسة من الناحية القبلية توجد خريطة وتوجد خارج الكنيسة من الناحية البحرية الغربية المعمودية بحسب الطقس القبطى ولها بابان احدهما يقع من خارج الكنيسة والآخر يفتح على داخل الكنيسة لكى لا يخرج الذى نال المعمودية الى خارج مرة أخرى بل يدخل الى الكنيسة عملا بقول الرب " من يقبل الى فلا أخرجه خارجاً "

وبه ثلاث مذابح الأوسط على اسم السيدة العذراء والبحرى على اسم القديس تكلا هيما نوت الحبشى أما المذبح الثالث ( القبلى ) فعلى اسم الشهيد موريس قائد الكتيبة الطبية وجه القباب وبه مقصورة الرفات أبناء القديس الأنبا توماس السائح .

وبهما الأجراس ويوجد بالمنارة البحرية مذبح على اسم الملاك ميخائيل

وبه فصول الملائكة ( الحضانة الصباحية ) وتكون مع الفناء البحرى نادى خدمتى حضانة وابتدائى والطبق الثانى منه حجرة مركز وسائل الإيضاح وحجرة خدمة البنات ثم مكتب القمص داود تادرس وكيل عام البطريركية أما الدور الثلث ففيه قاعة لمركز العذراء للغات ومركز الفاكس والتليفون الدولى والتصوير ( النساخة ) ومركز الصوتيات والمرئيات ويعلو هذا المبنى نادى الشباب والخريجين ومركز القديس بولس لخدمة الشباب ( كمبيوتر وتصوير ) .

ويضم قاعات متسعة على خمسة أدوار للخدمات التالية :

وفى غمرة احتفالات اليوبيل الذهبى للكنيسة يقوم قداسة البابا شنودة الثالث بافتتاح هذا المبنى ومباركة أنشطته المختلفة فى عشية تأسيس الكنيسة 6/11/1998

وبه الفرن لتجهيز القربان وتم تجديده ليعمل بالغاز الطبيعى .