Muchas han sido las hipótesis elaboradas sobre la muerte de Mozart, fortaleciendo así una leyenda de conspiraciones y envenenamientos favorecida por los escasos y, en algunas ocasiones, inciertos datos que se poseen.
Éstos pueden resumirse en lo siguiente:
 
- Mozart era un reconocido miembro de laa masonería, en donde pudo crearse algunos enemigos internos, aparte de los enemigos de la masonería en general.
- Semanas antes de su muerte el compositor comenzó a sentirse muy mal, y él mismo reveló a su esposa Constanza su temor a estar siendo envenenado.
- Tras el funeral en la catedral, en el que Salieri dirigió la música, fueron pocos los que acudieron al entierro, faltando incluso su esposa Constanza. El entierro, en medio de una gran lluvia según parece, fue pobre y sin acompañantes. El cadáver fue depositado en una fosa común, de modo que luego nadie pudo averiguar en dónde se hallaba. Todo ello era insólito para tratarse del compositor más afamado de la época.
- Treinta años después, Salieri, a quien le faltaba poco para morir y mucho de su sano juicio, declaraba que él había sido el causante de la muerte de Mozart.
 
Con este panorama, las hipótesis que más se han barajado son las siguientes:
 
1. Mozart fue envenenado. Varios personajes son los que aparecerían como posibles autores del envenenamiento:
- Franz Hofdemel, oficial perteneciente también a la masonería que se suicidó al día siguiente del fallecimiento de Mozart. Antes de suicidarse tuvo una fuerte discusión con su esposa, alumna de Mozart, y llegó a herirla con una navaja.
De estos hechos algunos quieren inferir que el oficial habría envenenado a Mozart pensando que su mujer y el compositor eran amantes.
- Franz Xaver Süssmayr, compositor reconocido en su época y discípulo de Mozart. Constanza le encargó la terminación del Requiem de su marido tras el fallecimiento de éste.
Esto, y el hecho de que el hijo de Mozart y Constanza llevase su nombre, ha llevado a algunos a pensar que era amante de Constanza y que este hijo era suyo, no de Mozart.
- Antonio Salieri, compositor de enorme éxito, influencia y prestigio en la Viena de la época y aclamado en toda Europa por sus óperas.
Los datos ciertos son que dirigió la música de Mozart en varias ocasiones y que sólo se dedicó prácticamente a la ópera, sin competir con Mozart en el terreno instrumental. Parece también fuera de duda que admiraba a Mozart, y que además tenía un carácter bondadoso. Salvo algún pequeño roce entre músicos, las relaciones entre ambos no eran malas.
Pero pocos años antes de la muerte de Salieri ya corría en Viena el rumor de que había envenado a Mozart, aunque él lo desmintió. Sin embargo, a punto de morir y sin juicio, dijo haber sido el causante de su muerte -nunca que le había envenenado-, con lo que dio pie a la leyenda.
Todo ello se agravaría cuando, años después, Pushkin escribió su drama «Mozart y Salieri», que Rimsky-Korsakov convertiría más tarde en ópera.
Ya en nuestros días, la película «Amadeus» de Milos Forman retomó esa negra leyenda y la puso de moda entre los no aficionados y entre los aficionados más desinformados.
 
2. Mozart fue asesinado. También aquí podemos hablar de varias hipótesis que apuntan a diferentes autores:
- Los francmasones, logia a la que Mozart pertenecía. Las razones que se esgrimen para pensar que ellos mismos asesinarían a Mozart son:
        * el compositor reveló en su ópera «La flauta mágica» ciertos aspectos relativos a la masonería.
        * Mozart era un claro representante del mundo germánico hacia el que la mayoría de los miembros de esta logia, católicos y judíos, sentiría una gran animadversión.
- Leopoldo II, emperador alemán que acababa de heredar el trono austriaco. Enemigo de los masones, el éxito de Mozart entre las clases populares le haría temer que propagase ideas peligrosas para el buen gobierno del Imperio Austro-húngaro, por lo que encargaría a su policía imperial que «quitase de en medio» al compositor.
 
3. Mozart murió de fiebres reumáticas. Ésta es la hipótesis más sencilla y la más aceptada:
- Mozart padeció de reumatismo prácticamente toda su vida. El tipo de dolores y quejas del compositor antes de morir indican un ataque agudo de reumatismo que pudo derivar asimismo en ciertas deformaciones físicas provocadas por hinchazones y erupciones en la piel. El aspecto tan desfigurado del cadáver haría que se enterrase rápidamente, y en una fosa común según costumbre de la época. Si añadimos que no se puso cruz alguna por ser masón, daremos con alguna de las razones por las que luego fue imposible saber exactamente en dónde estaba enterrado.