Asal namanya ialah Sekolah Berasrama Penuh Labuan ringkasnya SBPL, yang telah dimulakan pembinaannya pada tahun 1984 di atas tanah seluas 50 ekar yang terletak di Kg. Sg. Pagar,; 17 km dari bandar utama.
SBPL telah bermula dengan satu sejarah yang unik, yang tidak mungkin dilupakan oleh para pelajar dan para guru yang menjadi pengasas penubuhan sekolah ini. Sekolah yang djangka memulakan penggal persekolahan pada awal Jun 1985 telah ditunda ke Ogos 1985, atas masalah pembinaan dan pembekalan peralatan. Walaubagaimanapun, para pelajar tingkatan enam rendah yang terpilih ke sekolah ini; seramai 29 orang, yang juga merupakan para pelajar sulong SBPL, telah diminta melaporkan diri ke SBP Sabah, Kota Kinabalu , untuk penempatan sementara dan tiga orang guru SBPL telah dihantar ke sana untuk mengajar mereka.
Bagi pelajar tingkatan 1 dan 4 pula, telah dipanggil melalui radio, untuk melaporkan diri ke SBPL pada 12 Ogos 1985. Malangnya, sebaik sahaja pengumuman disiarkan, jalan masuk ke sekolah ini telah dipagar oleh penduduk kampung kerana menuntut pampasan bagi tanah mereka yang telah diambil oleh kerajaan untuk membuat jalan. Sekali lagi pembukaan SBPL tertunda. Namun demikian seramai 45 orang pelajar tingkatan 4 dan 22 orang pelajar tingkatan 1 telah mendaftar. Maka pihak sekolah telah mengambil keputusan untuk menumpang di SMK Labuan pada sebelah petang bagi meneruskan sesi pembelajaran di bawah bimbingan 15 orang guru-guru sulong SBPL. Bagi mengatasi masalah penginapan, para pelajar lelaki telah ditumpangkan di asrama Institut Latihan Perindustrian Labuan dan para pelajar perempuan pula dirumah guru-guru perempuan. Ia berterusan sehingga akhir tahun 1985.
Pada Disember 1985, rintangan jalan ke sekolah telah dibuka apabila pampasan telah dibayar oleh kerajaan. Lewat Oktober 1985, Dr. Hamdan Mohamed telah memulakan tugas sebagai pengetua pertama SBPL, yang mana sebelumnya, sekolah telah ditadbir oleh Encik Shariff Haron, dari unit SBP, sebagai Penolong Kanan. SBPL telah dapat beropersi sepenuhnya pada 6 Januari 1986.
SBPL telah dibuka dengan rasminya pada 20 Oktober 1987 oleh Yang Berhormat Saudara Anwar Ibrahim, Menteri Pendidikan Malaysia pada ketika itu.
Pada Jun 1995, sekolah ini tidak lagi membuka kelas tingkatan 6 dan telah digantikan dengan 3 buah kelas matrikulasi Universiti Sains Malaysia (USM) yang menerima seramai 83 orang pelajar.
Mesyuarat perancangan pendidikan ke 133 , yang diadakan pada 8 November 1996, telah memutuskan agar semua SBP ditukar nama kepada Sekolah Menengah Sains dan telah diwartakan pada 31 Januari 1997.
Kini, Sekolah Menengah Sains Labuan, ringkasnya SMExcel, mempunyai 53 orang pendidik dan 27 orang kakitangan sokongan bukan mengajar yang bertugas di bawah cogan kata USAHA, JAYA , BAKTI; yang bermaksud semua warga sekolah mesti berusaha dengan gigih bagi mencapai kejayaan demi berbakti kepada agama, bangsa dan negara tercinta.
