Většina Mozartových chrámových skladeb vznikla v "salcburském období" a v "období cest", to jest do roku 1781. Chrámová hudba z dalšího, vídeňského období je početně omezená, její nejvýznamnější výsledky jsou nedokončená mše K.427, Ave Verum Corpus a Rekviem, také nedokončené. Zednářství, svému druhému a horoucímu vyznání, Mozart věnoval několik specifických děl, mezi jinými dvě kantáty pro mužské hlasy a orchestr složené v roce 1785 a 1791 a Mauresche Trauermusik (Zednářská smuteční hudba) k úmrtí dvou významných "bratří", vévody Georga Augusta von Mecklenburg-Strelitz a hraběte Franze Esterházyho z Galanty.
    Před rokem 1781 šlo většinou o krátké mše typu "missa brevis" podle německé tradice, to jest převážně sborové s instrumentální vložkou, někdy bohatě obsazenou, v nichž však jsou četné partie operního rázu. Vedle mší Mozart skládal¨ krátké skladby "neapolského" stylu, to jest určené ke koncertnímu vystoupení pěvců. Aspoň tři mše, K. 220 napsaná v Mnichově, K. 317 řečená Korunovační a K. 337 (dvě poslední byly napsány v Salcburku a mají výrazně operní ráz podle normy italské chrámové hudby). První je někdy označována Spatzen-Messe (Vrabčí mše) kvůli švitoření, které se ozývá v Sanctus. V obou následujících mších v Agnus Dei jsou anticipována témata, která se znovu objevila ve dvou áriích hraběnky ve Figarově svatbě, "Dove sono i bei momenti" (Kde jsou ty krásné chvíle) a "Porgi amor" (slyš, ó lásko, hlas srdce mého). To neznamená, že by Mozartova chrámová hudba byla "povrchní", jak soudilo na základě takových hudebních souvislostí dějepisectví 19. století. Mozart se prostě přizpůsoboval evropským konvencím, značně rozšířenějším než konvence tradice německé a zvláště než konvence tradice salcburské. Ta byla reprezentována zejména Michaelem Haydnem, bratrem Franze Josepha.
    Nejlepší chrámovou hudbou mladého Mozarta jsou krátké skladby jako Litaniae de venerabili altaris sacramento (Litanie o velební svátosti oltářní), Litaniae lauretanae (Loretánské litanie) a především Exsultate, jubilate (Plesejte, jásejte). tato skladba byla napsána pro kastráta Venanzia  Rauzziniho. Ve stejném žánru, ale s kontrapunkticky přísnou fakturou spojenou s italským vokálním stylem jsou i dvoje  "nešpory" De dominica (O neděli) a Solemnes de confessore (Slavnosti o vyznavači).
    Dvě největší skladby vídeňského období, třebaže jsou nedokončené, představují vrchol Mozartovy chrámové hudby na  základě zralosti dosažené v jiných žánrech.
    Mši K. 427, napsané jako splnění neznámého slibu (byla provedena v Salcburku, když se tam Mozart odebral poprvé a naposled s manželkou), chybějí dvě části, Agnus Dei a Credo. Je to monumentální skladba s mohutnou účastí sboru rozděleného až do osmi reálných hlasů; splývá v ní v jedno vokální technika "a cappella" a německá kontrapunktická technika obnovená poznáním díla Bachova a Handlova.
    Před Rekviem vzniklo moteto Ave Verum Corpus datované 17. 6. 1791. Bylo napsáno pro malý kostel v Badenu blízko Vídně, a proto je instrumentální soubor omezen na smyčce a varhany - kromě sboru. Je to všehovšudy šestačtyřřicet taktů svrchované uměřenosti a krásy.
    Co se týče Rekviem, kolem něhož se vyrojilo mnoho legend a fantastických hypotéz, jde o skladbu objednanou jistým šlechticem, hrabětem Walseggem, který musel skladatele mnohokrát upomínat, protože Mozart byl zaměstnán horečným komponováním Tita a Kouzelné flétny. Mozart nestihl Rekviem dopsat a vdova odevzdala dílo dokončené více lidmi, přičemž tvrdila, že celou skladbu napsal nebo načrtl Mozart sám. Ve skutečnosti - podle toho, co tvrdil Sussmayr - Mozart složil a instrumentoval první část skládající se z Rekviem a Kyrie. Z druhé části až k prvním taktům sedmého oddílu, Lacrymosa, existoval úplný rukopis vokálních partl s harmonickou kostrou. Od osmého taktu oddílu Lacrymosa prý byla skladba dokončena různými skladateli: Freystadtlerem, Eyblerem, ale především Sussmayrem.
    V koncepci Rekviem, které zrcadlí vrcholný Mozartův styl, má důležitou roli zvuková barva orchestru. Jsou z něho vyloučeny zvukově ostré dechové nástroje (flétny a hoboje), proti žesťům (trubky a trombony) stojí fagoty a basetový roh, nástroj, který Mozartovi učaroval v posledních měsících života do té míry, že pro něj plánoval koncert, který pak byl nakonec určen pro A-klarinet. Tato zvuková "barva", která od hudby komturovy sochy není v Mozartových skladbách vzácná, se ohlašuje na začátku Rekviem nadpozemskými tóny.

Rekviem

I. Introit (sbor a soprán sólo. Adagio – Allegro – Adagio.)

Requiem aeternam dona eis, Domine, et lux perpetua luceat eis. Te decet hymnus, Deus, in Sion, et tibi reddetur votum in Jerusalem. Exaudi orationem meam, ad te omnis caro veniet. Requiem aeternam dona eis, Domine, et lux perpetua luceat eis.

II.  Kyrie eleison. Christe eleison. Kyrie eleison. (Sbor. Allegro)

III. Sequence.

    1. Dies irae (sbor. Allegro assai.)
        Dies irae, dies illa,
        solvet saeclum in favilla:
        teste David cum Sibylla.
        Quantus tremor est futurus,
        quando iudex est venturus,
        cuncta stricte discussurus

    2. Tuba mirum (soprán, kontraalt, tenor a bas. Andante.)
        Tuba mirum spargens sonum
        per sepulchra regionum
        coget omnes ante thronum.
        Mors stupebit et natura,
        cum resurget creatura,
        judicanti responsura.
        Liber scriptus proferetur,
        in quo totum continetur,
        unde mundus judicetur
        Judex ergo cum sedebit,
        quidquid  latet, apparebeit:
        nil inultum remanebit.
        Quid sum miser tunc dicturus?
        quem patronum rogaturus,
        cum vix justus sit securus?

    3. Rex tremendae (sbor)
        rex tremendae majestatis,
        qui salvandos salvas gratis
        salve me, fons pietatis.

    4. Recordare (soprán, kontraalt, tenor, bas)
        Recordare, Jesu pie,
        quod sum causa tuae viae:
        ne me perdas illa die.
        Quaerens me, sedisti lassus:
        redemisti crucem passus:
        tantus labor non sit cassus.
        Juste judex ultionis,
        donum fac remissions
        ante diem rationis.
        Ingemisco, tamquam reus:
        culpa rubet vultus meus:
        Supplicanti parce, Deus.
        Qui Mariam absolvisti,
        et latronem exaudisti,
        mihi quoque spem dedisti.
        Preces meae non sunt dignae:
        sed tu bonus fac benigne,
        ne perenni cremer igne.
        Inter oves locum praesta,
        et ab haedis me sequestra,
        statuens in parte dextra.

    5. Confutatis (Sbor. Andante.)
        Confutatis maledictis,
        flammis acribus addictis:
        voca me cum benedictis.
        Oro supplex et acclinis,
        cor contrium quasi cinis:
        gere curam mei finis.

    6. Lacrimosa (Sbor)
        Lacrimosa, dies illa,
        qua resurget ex favilla
        judicandus homo reus.
        Huic ergo parce, Deus:
        pie Jesu Domine,
        dona eis requiem. Amen.

IV. Offertorium

    1. Domine, Jesu Christe (Sólisté a sbor. Andante con moto.)

Domine, Jesu Christe, Rex gloriae, libera animas omnium fidelium defunctorum de poenis inferni et de profundo lacu: libera eas de ore leonis, ne absorbeat eas Tartarus, ne cadant in obscurum: sed signifer sanctus Michael repraesentet eas in lucem sanctam: quam olim Abrahae promisisti et semini ejus.

    2. Hostias (Sbor. Andante – Andante con moto.)

Hostias et preces tibi, Domine, laudis offerimus: tu suscipe pro animabus illis, quarum hodie memoriam facimus: fac eas, Domine, de morte transire ad vitam.

V. Sanctus (Sbor. Adagio – Allegro.)

Sanctus, sanctus, sanctus Dominus, Deus Sabaoth. Pleni suntr coeli et terra gloria tua. Hosanna in excelsis.

VI. Benedictus (Sólisté a sbor. Andante – Allegro.)

Benedictus qui venit in nomine Domini. Hosanna in excelsis.

VII. Agnus Dei (Sbor.)

Agnus Dei, qui tollis peccata mundi, dona eis requiem. Agnus Dei, qui tollils peccata munsi, dona eis requiem sempiternam.

VIII. Communion (Soprán a sbor.)

Lux aetena, luceat eia, Domine, cum sanctis tuis in aeternum, quia pius es. Requiem aeternam dona eis, Domine, et lux perpetua luceat eis.